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医院系统的洁净室最先用于手术室，也就是我们现在所说的医院手术室净化工程。开始它只是在矫形手术中获得广泛应用,因为矫形手术时间较长,易于引起感染。控制水平较理想的是使用手术台附近的空气洁净度达到100级。一般建议使用顶部高效空气过滤系统,它能覆盖至少3m×3m的面积,从而将手术台和人包括在内。
医疗洁净室获得应用的其它领域有分娩室、保育室、烧伤室、心脏病人护理单元等。最新进展之一是牙外科手术洁净室的应用,它降低了在长期手术过程中医务人员被感染的危险。
洁净室作为医院重要的功能分区之一，其工程质量直接影响到医院的使用和对患者的治疗。要提高医院洁净室的工程质量，必须从设计、施工和维护三方面同时重视。
医院应用洁净环境最广泛的洁净手术室，是用空气洁净技术取代传统的紫外线等手段对全过程实行污染控制的现代手术室。在洁净手术室内，患者感染率可降低 10 倍以上，从而可以少用或不用会伤害患者免疫系统的抗生素。既要无尘又要无菌是洁净手术室的特点。
医院洁净室包括手术室、产科、婴幼儿病房(NICU)、ICU(重症监护室)、烧伤病房及解剖室、净化实验室、人工透析室、标本室等，其工程质量与医疗质量有着直接而重要的关系。
一、设计
我国《洁净室施工及验收规范》(以下简称"规范")强调，新风必须遵循三级过滤的原则。这是因为和空调系统相比，净化系统新风的尘浓负荷比高达 90% 以上，因此，为了运行质量必须强调新风三级过滤。现在医院洁净手术部的标准和规范中都已将此作为规定。另外，回风必须有过滤器，能放中效最好。设计人员只有准确理解了"规范"的要求，才能使洁净室最大程度地满足医院的功能要求。
设计人员要确保洁净室工程质量，还必须对医院洁净室施工现场做认真地调研、考察，否则，设计出来的洁净室工程质量就会大打折扣。如在对某医院洁净室做含尘浓度检测时，突然发现尘浓普遍急剧上升，超标严重。工程人员首先想到的是过滤器风口漏，经检查，虽然发现确实有漏，但和检测出的尘浓数量不相当。根据经验判断，这是新风口设计不当，由于设在 5 层楼顶上向下的新风口，其下方正好有一垃圾站，而该垃圾站有定期烧垃圾的习惯，大量浓尘正是来自新风口下方冒出的浓烟。这样的新风口位置，必然产生危及室内洁净度的结果，无论后期施工质量如何，其洁净室的工程质量也很难达到要求，实际上这与"规范"中要求的新建洁净手术室应远离污染源的总体要求是相违背的。
设计是洁净室工程质量的基础，医院手术室净化工程的设计绝不是闭门造车，需要不断解决问题以满足洁净室工程质量要求，故设计是洁净室工程质量的第一道保障。
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